Tranh vẽ Nguyên Huệ Tông

Cha của Nguyên Huệ Tông là Nguyên Minh Tông. Ông chào đời lúc cha mình còn là một vị thân vương đang trấn ở đất Trung Á. Mẹ của ông tên là Mại Lai Địch là người ở bộ tộc Cát La Lộc.

Sau khi Nguyên Thái Định Đế qua đời, nội chiến trong hoàng gia bùng phát vào năm 1328, ông theo cha mình vượt qua Mông Cổ trở về Thượng Đô, tại đây, cha của ông được tôn làm hoàng đế, tức là Nguyên Minh Tông. Nhưng sau khi Minh Tông bị sát hại, Thỏa Hoan Thiết Mộc Nhĩ bị phe phái đối lập đày đến đất Cao Ly rồi sau đó lại lưu đày ông đến đất Quảng Tây. Trong thời gian ông bị lưu đày, người mẹ kế của ông là Bát Bất Sa bị xử tử.

Chân dung của Bát Bất Sa - mẹ kế của Nguyên Huệ Tông.

Sau đó, hoàng vị được Nguyên Văn Tông kế nhiệm vào năm 1329, Văn Tông làm Tân đế đến năm 1332 thì băng hà. Trước khi chết, Văn Tông muốn nhường ngôi cho con của Nguyên Minh Tông và đáng ra Thỏa Hoan Thiết Mộc Nhĩ sẽ được nối ngôi, nhưng sau đó triều đình lại lập một người trong tôn thất còn nhỏ tuổi hơn ông tên là Ý Lân Chất Ban, đó là hoàng đế Nguyên Ninh Tông, nhưng Ninh Tông sau đó cũng băng hà sớm khi ở ngôi chỉ có 43 ngày[5], lúc đó chỉ mới 6 tuổi.

Hoàng thái hậu Bốc Đáp Thất Lý thị lâm triều, Yên Thiếp Mộc Nhi cùng đồng bọn có ý muốn tôn con trai Văn Tông là Yên Thiếp Cổ Tư. Thái hậu nói

Thiên vị quan trọng biết mấy, con của ta còn nhỏ tuổi sao có thể đảm nhận. Thỏa Hoan Thiếp Mục Nhĩ ở Quảng Tây, năm nay đã 13 tuổi; lại là trưởng tử của Minh Tông, theo lễ có thể được lập.[5].

Liền sai người đón Thỏa Hoan ở Tĩnh Giang, rước về Yên Kinh để làm vua. Lúc đó, tại triều đình, ông bị một viên đại thần là Yên Thiếp Mộc Nhi mưu hại (chính viên đại thần này là kẻ được Nguyên Văn Tông sai ám sát Nguyên Minh Tông - cha của Huệ Tông), nhưng phe ủng hộ của Thỏa Hoan Thiết Mộc Nhĩ đã giúp ông, và cuối cùng Yên Thiếp Mộc Nhi bị giết, Thỏa Hoan Thiết Mộc Nhĩ đăng quang đế vị vào năm 1333, lúc đó ông chỉ mới có 12 tuổi. Do vậy ông được các triều thần Nhà Nguyên thay ông lo chính sự đất nước.

Năm 1333, Huệ Tông lần đầu tiên gặp Kỳ thị, một cung nữ người Cao Ly. Kỳ thị bị cống sang Trung Quốc cuối những năm 1320 theo chính sách "cống nạp con người" của các vị vua Cao Ly đối với triều đình Đại Nguyên sau chiến tranh Mông Cổ - Cao Ly, nhằm làm thị thiếp hầu hạ hoàng thất nhà Nguyên. Huệ Tông hết mực sủng ái, phong bà ta làm Tài nhân.